Nell'episodio finale scopriamo chi era Alpha e cosa è accaduto, cosa ha fatto.
PASSATO: Era un active della Dollhouse che lavorara sempre in coppia con un'altra Doll, Wisky, che scopriamo essere...la Dott. Saunders!!!!!
Lavorando sempre in coppia, lui la considerava la sua donna! Ma presto Alpha scopre che la sua vita non è reale, che lui e la sua donna in realtà non esistono..Dopo una loro fuga, vengono ricatturati e riportati alla Doll per una seduta!! Scopriamo che Saunders in realtà è un dottore maschio, mentre Wisky era considerata la Doll più importante, la numero 1! Il giorno in cui alla Dollhouse arriva Echo, Alpha la nota subito e si innamora di lei: Alpha comincia a mostrare segni di una propri pesonalità indipendente. Alpha, ascoltando la conversazione di due dipendenti della Dollhouse, scopre che Wisky è considerata la Doll num. 1, quindi va da lei e le dice che è arrivato il momento che la num. 1 diventi Echo, così l'aggredisce...si spiegano così come la ragazza ha ricevuto i segni sul volto! Alpha viene portato a fare una seduta, ma si ribella, attacca tutti, uccide il vero dott. Saunders e in questa confusione riceve ben 48 impianti diversi nello stesso momento.
PRESENTE: Alpha ha impiantato in Echo la personalità della sua vecchia amata e scappano insieme dalla Dollhouse, portando con sè una ragazza, Wendy: lo scopo di Alpha è quello di impiantarle una qualche personalità, ma comincia a dare segni di squilibrio, perchè tutte le 48 personalità che ha cominciano a farsi sentire.
Ballard decide di aiutare Adelle a catturare i due fuggitivi per salvare Caroline. Topher rivela a Ballard e Boyd che la prima persona che Alpha è andato a cercare nel momento in cui è stato in grado di scegliere è stato sè stesso, cioè è andato in laboratorio per cercare la sua vera identità per distruggerla. Si scopre che Alpha ha rubato tutti i vecchi impianti di Echo, ma soprattutto ha rubato la vera personalità originale di Echo, cioè di Caroline, e ne ha distrutto il backup. Alpha impianto la personalità di Caroline in Wendy!! A questo punto Ballarda, appoggiato da Boyd, vogliono scoprire chi in realtà fosse Alpha...era un certo Carl accusato di omicido, ma non condannato perchè la vittima è riuscita a scappare: riescono anche a trovare questo testimone, che è una donna che ha la faccia sfreggiata come la Dott. Saunders, e anche Victor: proprio il modus-operandi di Alpha!
Intanto Alpha impianta in Echo tutte le 38 personalità che ha ricevuto da quando è alla Dollhouse..Echo così si risveglia e capisce tutto quello che è successo: stende con un colpo Alpha e cerca di liberare Wendy, e capisce anche che in Wendy c'è la sua vera identità, quella di Caroline. Wndy convince Echo a riprendersi la sua vera identità, ma Alpha si riprende ed uccide la ragazza; Alpha riesce a scappare, ed Echo, grazie all'aiuto di Ballard, riesce a salvare l'impianto di Caroline.
Alla Dollhouse la dott. Saunders scopre che in realtà anche lei era una Doll, ma dice a Topher di non voler sapere chi fosse in realtà prima, e gli dice anche di odiarlo.
Ballard fa un accordo con Adelle: lavorerà per loro, ma in cambio Millie saràlibera. E così è...Millie viene lasciata andare via.
Intanto Echo viene di nuovo fatta "riaddormentare"..è di nuovo un Active, ritorna nel suo guscio ma prima di addormentarsi sussura una parola: "Caroline":
Sue Thomas FBI
Buffy/Angel
One Tree Hill
FRIENDS
Izzie e Denny
